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La lutte biologique contre les maladies post-récolte a été suggérée comme une alternative viable aux produits chimiques synthétiques et a fait l'objet de recherches considérables dans le monde entier au cours des 30 dernières années. La recherche microbiologique a ouvert une toute nouvelle frontière qui élargira considérablement nos connaissances sur la pathologie et la biologie post-récolte et offrira de nouvelles possibilités d'élaborer de nouvelles approches de lutte biologique fondées sur une meilleure compréhension des interactions complexes entre le microbiote résident et les produits récoltés. Le microbiome post-récolte ne fait que commencer à être exploré et la composition et l'effet fonctionnel du microbiome sur les produits frais après récolte sont largement inconnus. Il reste à déterminer si différents produits ont un microbiome central qui influence les interactions potentielles entre l'hôte et le microbiome. Considérer les produits récoltés comme un méta-organisme, dans le cadre du concept d'holobiont et de ses récentes itérations, peut représenter un modèle utile pour le microbiome post-récolte étant donné que les produits récoltés représentent des systèmes dynamiques avec des interactions complexes entre la communauté microbienne et l'hôte. Comprendre le rôle fonctionnel et l'impact du microbiome endophytique et épiphytique du développement et de la récolte des fruits fournirait de précieux renseignements nécessaires à la mise au point de systèmes de biocontrôle sûrs et efficaces, fondés sur les fonctions, qui peuvent être utilisés pour prolonger la durée de conservation des produits en contrôlant les pathogènes de pourriture et peut-être même les troubles physiologiques après la récolte.